(1) Vabzdžių antimikrobiniai peptidai: vabzdžiai sudaro didžiausią organizmų grupę, o jų gaminamų antimikrobinių peptidų skaičius yra didžiulis. Iki šiol buvo nustatyta daugiau nei 200 rūšių vabzdžių antimikrobinių peptidų aštuoniose grupėse, įskaitant Lepidoptera, Diptera, Coleoptera ir Odonata; Pažymėtina, kad 40 antimikrobinių peptidų genų buvo išskirta vien iš šilkaverpių (*Bombyx mori*).
(2) Žinduolių antimikrobiniai peptidai: žinduolių antimikrobinis peptidas Cecropin P1 pirmą kartą buvo išskirtas iš kiaulių plonosios žarnos 1989 m. Šiuo metu mažiausiai 18 rūšių buvo išskirta iš kiaulių, 30 iš avių ir 30 iš galvijų.
(3) Varliagyvių antimikrobiniai peptidai: varliagyviai turi pliką odą, kuri atlieka daugybę funkcijų. Jų odos išskyrose yra daug įvairių biologiškai aktyvių peptidų, pasižyminčių įvairia biologine veikla; dauguma jų pasižymi antimikrobinėmis savybėmis. Atstovaujanti senovinei ir veiksmingai natūralios gynybos formai, jie paprastai klasifikuojami kaip antimikrobiniai peptidai.
(4) Antimikrobiniai peptidai iš žuvų, moliuskų ir vėžiagyvių: pardaksinas, 35-amino-rūgščių- likučių peptidas, išskirtas iš Mozės jūrų liežuvio (*Pardachirusatus*) 1986 m., buvo pirmasis antimikrobinis agentas, išskirtas iš žuvies į marmorikatijoną. -spiralinė struktūra, galinti pralaidinti membraną. Jis veikia kaip joninis neurotoksinas, todėl buvo sukurta daug peptidų, kurie pasižymi stipresniu antimikrobiniu aktyvumu -ir mažesniu hemoliziniu aktyvumu nei melitinas.
(5) Augalų antimikrobiniai peptidai: augalai taip pat gamina antimikrobinius peptidus, struktūriškai panašius į defenzinus, esančius vabzdžiuose ir žinduoliuose; jie žinomi kaip augalų defensinai. Dauguma augalų antimikrobinių peptidų yra labai aktyvūs prieš augalų patogenus, nors kai kurie taip pat pasižymi toksiškumu gram{2}}teigiamas ir gramneigiamas bakterijas, grybus, mieles ir žinduolių ląsteles. Tioninai buvo pirmieji antimikrobiniai peptidai, išskirti iš augalų.
(6) Bakteriniai antimikrobiniai peptidai: taip pat žinomi kaip bakteriocinai. Tai apima ir katijoninius, ir neutralius peptidus, juos išskiria ir gramteigiamos, ir gramneigiamos bakterijos. Bakterijose buvo nustatyti keturių tipų antimikrobiniai peptidai: bacitracinas, gramicidinas S, polimiksinas E ir nizinas.
