Iki šiol iš įvairių organizmų buvo išskirta daugiau nei 200 antimikrobinių peptidų, iš kurių daugiau nei 170 – vien tik iš vabzdžių. Šie peptidai klasifikuojami pagal jų kilmę ir struktūrines savybes.
Linijiniai peptidai, turintys spiralinę struktūrą
Cecropins buvo pirmieji atrasti gyvūnų antimikrobiniai peptidai; juos iš amerikinio šilkakandžio (*Hyalophora cecropia*) lėliukių išskyrė Boman ir kt. 1980 metais.
Linijiniai peptidai, turintys daug specifinių aminorūgščių
Apidaecinai yra prolino{0}}daug peptidų turintys antibiotikai, išskirti iš naminių bičių. Paprastai juos sudaro 16–18 aminorūgščių liekanų, prolino kiekis siekia iki 33%, o arginino - iki 17%. Apidaecinai pasižymi stipriu aktyvumu prieš tam tikras gram{7}neigiamas bakterijas, bet yra neveiksmingi prieš gram{8}teigiamas bakterijas.
Peptidai, turintys vieną disulfidinę jungtį
Tai maža antimikrobinių peptidų klasė. Pirmasis atrastas tokio tipo peptidas buvo baktenecinas, gautas iš galvijų neutrofilų. Jame yra 12 aminorūgščių -įskaitant keturias arginino liekanas- ir sudaro disulfidinę jungtį tarp antrosios ir vienuoliktosios liekanų.
Peptidai, turintys dvi ar daugiau disulfidinių jungčių
Defensinai yra šios klasės prototipiniai atstovai. Iš pradžių atrastuose -defensinuose, gautuose iš žinduolių audinių, paprastai yra 29–34 aminorūgščių liekanos; šešios konservuotos cisteino liekanos sudaro tris intramolekulines disulfidines jungtis. Be to, arginino liekanos 6 ir 15 padėtyse, taip pat glicino liekanos 24 padėtyje, yra išsaugotos.
Lantibiotikai
Lantibiotikai yra peptidiniai antibiotikai, kuriuos gamina bakterijos; jie yra genetiškai užkoduoti, sintetinami ribosomose ir po{0}}transliacijos modifikuojami, kad įtrauktų konkrečias organines grupes. Nizinas yra plačiausiai ištirtas iš jų.
